﻿using System;
using System.Collections.Generic;
using System.Linq;
using System.Text;

public class SequenceSegmentPair
{
	public string[] accessions { get; set; }
	public int indexSite { get; set; }
	public int indexChain1 { get; set; }
	public int indexChain2 { get; set; }
	public string lineage { get; set; }
	public string descriptionChain1 { get; set; }
	public string descriptionChain2 { get; set; }

	/// <summary>
	/// Posicion INCLUSIVA en la que empieza la secuencia de la PRIMERA cadena
	/// </summary>
	public int chain1Start { get; set; }

	/// <summary>
	/// Posicion INCLUSIVA en la que termina la PRIMERA cadena
	/// </summary>
	public int chain1End { get; set; }

	/// <summary>
	/// Posicion INCLUSIVA en la que empieza la SEGUNDA cadena
	/// </summary>
	public int chain2Start { get; set; }

	/// <summary>
	/// Posicion INCLUSIVA en la que termina la SEGUNDA cadena
	/// </summary>
	public int chain2End { get; set; }

	/// <summary>
	/// Secuencia de la primera y la segunda cadena en forma contigua.
	/// El primer caracter de esta cadena corresponde al caracter chain1Start.
	/// El ultimo caracter de esta cadena corresponde al caracter chain2End.
	/// </summary>
	public string sequence { get; set; }
}

